云南省文物考古研究所成立于1959年(当时称云南省文物工作队)，是云南唯一具有考古发掘资质和文物保护工程勘察设计甲级资质的机构。主要承担云南省境内的文物考古调查、勘探、发掘和研究，以及地面文物保护工程的勘察设计、技术咨询、科技保护、监督和评估，并对全省各州(市)、县(区)的文物工作进行业务指导，同时积极开展面向东南亚、南亚国家的文物考古工作。
        云南省文物考古研究所下设办公室、考古部、古人类部、文物建筑部和科技信息部五个部门；核定编制40人，其中有9人具备正高职称任职资格，11人具备副高职称任职资格，14人具备考古发掘个人领队资格。        
        云南省文物考古研究所始终站在文物保护工作和研究第一线，先后主持完成了科研性的以及与基本建设相关的600多项文物考古调勘、发掘项目，其中的江川李家山墓地、昆明羊甫头墓地、富源大河旧石器遗址和剑川海门口遗址发掘，分别入选1992年度、1999年度、2006年和2008年“全国十大考古新发现”；主持或参与了昆明云南陆军讲武堂、建水朝阳楼、会泽万寿宫、通海文庙、丽江大宝积宫、昭通清官厅、昆明真庆观、霁虹桥摩崖石刻、威信观斗山、大姚白塔等国家级、省级、州(市)级和县级文物保护单位的维修勘察设计或科技保护100多项；开展了云南古人类、云南旧石器文化、云南新石器文化、云南青铜文化、爨文化和南诏大理文化等的考古研究，共发表发掘报告和论文700余篇；编辑出版了《云南考古文集》、《大理大丰乐》、《曲靖八塔台与横大路》、《昆明羊甫头墓地》、《云南考古报告集》、《“元谋人”发现四十周年纪念会暨古人类国际学术研讨会文集》《江川李家山》、《晋宁石寨山》等著作。云南省文物考古研究所重视与国内外研究机构的合作和交流。参与了中科院国家攀登计划“早期人类起源及其环境背景的研究”项目，与云南大学联合成立了云南遥感考古工作站，与北京大学、吉林大学、中国科技大学建立了战略合作关系，迄今接待外国学者来访70余起，派遣专业技术人员出访40余起。               近年来，云南省文物考古研究所在完成与基建工程相关的文物保护工作的同时，不断强化课题意识，相继开展了“滇文化”起源考古、边境考古和云贵高原史前考古工作，同时借助独有的地缘优势，开始启动面向东南亚、南亚国家的考古研究与文物保护工作。        
        云南省文物考古研究所主持组织的考古调查和发掘，极大地增加了全省各级文博单位的文物收藏；调查、发掘获得的第一手资料和研究成果弥补了古代文献对云南记载的不足，有力地促进了云南地方历史和民族文化研究的深入开展；与基本建设相关的文物保护工作，在使大量文物得到有效保护的同时，极大推进了地方经济的发展。       
        总之，云南省文物考古研究所各项卓有成效的工作为云南文化遗产保护事业的可持续发展奠定了基础。